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期刊信息/Journal information
基因组学与应用生物学
基因组学与应用生物学

李宁

双月刊

1674-568X

gab@gabcn.org

0771-3232621,3239102

530004

广西南宁市大学东路100号广西大学西校园榕江路《基因组学与应用生物学》编辑部111室

基因组学与应用生物学/Journal Genomics and Applied BiologyCSCD北大核心CSTPCD
查看更多>>本刊为基因组时代的理论与应用生物学提供服务的科学杂志,将面向基因组学、分子遗传学、生化与分子生物学等基础学科领域,着重刊登农林科学、医药科学、动物科学、环境、生态领域的研究成果。
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收录年代

    基于线粒体Cytb及CO Ⅰ基因的黄河上游大鼻吻鮈(Rhinogo-bio nasutus)遗传多样性与系统发育关系分析

    王彩雯穆爱娟王吉祥王永杰...
    1826-1835页
    查看更多>>摘要:为研究黄河上游不同群体大鼻吻鮈遗传结构与系统发育关系,保护其野生种质资源,本研究基于线粒体Cytb和CO J基因对黄河宁夏段及内蒙古段4个地理群体的大鼻吻进行了遗传多样性及系统发育关系分析.结果表明,Cytb和COⅠ基因序列长度分别为1 145、749 bp,两个序列串联后的组合序列长度为1 894 bp,碱基组成均呈现明显的AT偏倚性.4个地理种群中,线粒体Cytb和CO Ⅰ序列具有8个组合多态位点及9个组合单倍型,平均单倍型多样性(ffd)0.776,平均核苷酸多样性(π)为0.000 78.分子方差分析(analysis of molecular variance,AMOVA)显示4个地理种群间无显著遗传分化,其中95.81%变异来自群体内部,4.18%变异来自群体间.系统发育树及单倍型网络图表明大鼻吻鮈遗传结构比较单一,错配分布结果表明大鼻吻鮈在历史上出现过群体扩张事件.综上所述,黄河中上游的大鼻吻鮈群体遗传结构单一、遗传多样性较低,有必要将其作为一个保护单元进行就地保护,以期丰富大鼻吻鮈种群的遗传多样性.

    大鼻吻鮈CytbCO遗传多样性

    基于脂质组学分析脂肪酸合成酶基因沉默对柑橘全爪螨脂质代谢的影响

    谢颖曹颖李雨静张雨洁...
    1836-1849页
    查看更多>>摘要:脂肪酸合成酶是脂肪酸合成通路中的关键酶,脂肪酸的合成对昆虫的正常生长发育和繁殖至关重要,而生殖的正常关系到昆虫的种群繁衍.本研究旨在利用RNA干扰(RNA interference,RNAi)技术沉默柑橘全爪螨(Panonychus citri)脂肪酸合成酶(fatty acid synthase,FAS)基因PcFAS,通过脂质组学技术分析该基因沉默后对柑橘全爪螨雌成螨脂质代谢的影响.采用饲喂法导入dsRNA沉默柑橘全爪螨PcFAS基因,基于液相色谱-质谱联用(liquid chromatography-mass spectrometry,LC-MS)技术进行脂质组学研究,系统解析机体脂质组成与表达变化模式.运用主成分分析(principal component analysis,PCA)、偏最小二乘判别分析(partial least squares discriminant analysis,PLS-DA)和KEGG富集分析等方法分析两组的脂质代谢差异及差异脂质分子的富集通路.脂质组学分析结果显示,从柑橘全爪螨中共鉴定出40个脂质亚类,1 012个脂质分子,其中涉及5种脂肪酸、3种甘油脂、15种甘油磷脂、7种鞘脂、6种糖脂、1种固醇脂、3种衍生脂.基于变量投影重要度(variable importance in the projection,VIP)和变异倍数(fold change,FC),以 PLS-DA 模型第一主成分的 VIP>1,FC>1.200或<0.833且P<0.05为筛选标准,共筛选出150个显著性差异脂质分子(60个上调,90个下调).经KEGG通路富集分析,差异脂质代谢产物主要富集的4条通路有脂肪消化与吸收,维生素消化与吸收,脂肪细胞脂解的调节和胆固醇代谢.PcFAS沉默后影响了柑橘全爪螨雌成螨机体内脂质的组成和含量变化,干扰其正常的脂质代谢,这可能会导致其生长发育障碍或死亡.本研究可为基于脂类合成关键基因的害螨防治靶标的筛选提供重要的理论依据.

    柑橘全爪螨脂肪酸合成酶脂质组学RNA干扰

    基于抗体融合荧光蛋白的镰刀菌免疫检测技术

    闫瑜雪尚国富陈绍美喻艳琴...
    1850-1858页
    查看更多>>摘要:镰刀菌(Fusariam)是一类重要的植物病原菌和临床上常见的致病真菌,为实现镰刀菌的快速灵敏检测,本研究通过基因工程操作技术将编码抗镰刀菌单链抗体(single-chain variable fragment,scFv)FvSG7的基因与mNenoGreen(mNG)绿色荧光蛋白和NanoLuc(NLuc)荧光素酶基因构建融合表达载体,优化原核表达条件后进行大量表达纯化;利用SDS-PAGE和Western blot检测融合蛋白FvSG7-mNG-NL的表达情况;利用免疫荧光分析融合蛋白与镰刀菌菌丝的结合特性;利用酶联免疫吸附测定实验(enzyme-linked immunosorbent assay,ELISA)分析融合蛋白与镰刀菌抗原的结合能力.结果显示,融合荧光蛋白FvSG7-mNG-NL的原核表达载体构建成功,并实现可溶性高效表达.FvSG7-mNG-NL保留单链抗体、荧光素酶以及荧光蛋白的活性,可通过生物发光共振能量转移(bioluminescence resonance energy transfer,BRET)增强发光成像.本研究为发展镰刀菌的灵敏快速免疫检测技术奠定了实验基础.

    镰刀菌单链抗体荧光素酶融合蛋白免疫学检测

    基于RNA-seq技术分析活性氧对未成熟树突状细胞迁移能力的促进作用

    董美玲罗赵雅靖吴仪陈晋...
    1859-1871页
    查看更多>>摘要:本研究在检测未成熟树突状细胞(immature dendritic cells,imDCs)响应胞外活性氧(reactive oxygen species,ROS)后的细胞周期和迁移能力基础上,通过RNA测序(RNA sequencing,RNA-seq)技术分析差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),探索ROS促进imDCs迁移的潜在机制.利用H2O2模拟ROS构建imDCs氧化应激模型,利用CCK8法检测细胞活力,采用流式细胞术检测细胞凋亡和细胞周期变化,利用细胞实时成像实验分析imDCs的自由迁移情况.提取总RNA并进行RNA-seq,对DEGs进行GO和KEGG富集分析,按照DEGs表达变化|log2FC|≥ 1且FDR≤0.01筛选代谢及骨架调节相关转录基因.结果表明,H2O2处理浓度小于100 μmol/L时,imDCs的细胞活力和凋亡均无显著变化;imDCs在ROS环境中的细胞周期停滞在G0/G1期,且细胞的自由迁移能力增强.RNA-seq结果显示,H2O2处理组与对照组相比,共有282个DEGs,其中225个基因表达下调,57个基因表达上调.GO和KEGG分析发现这些基因参与了代谢、细胞周期和细胞骨架等相关通路,其中与异源物质代谢相关的Gsta1、Gsta3、Cstdc5和Prdx1等基因表达上调,Shmt2基因表达下调;参与骨架调节的S100a8、Ppbp和Tm4sf19等基因表达上调,而Nusap1、Stmn1、Kif20a和Prc1等基因表达下调.本研究表明,在imDCs响应胞外ROS过程中抗氧化系统激活、细胞骨架重塑与细胞周期停滞可能参与调控其迁移能力.

    活性氧树突状细胞氧化应激细胞骨架细胞迁移

    基于深度学习的骨髓细胞图像分类研究

    王海宝刘红岩魏志周省邦...
    1872-1882页
    查看更多>>摘要:当前,造血系统疾病的诊治面临着诸多挑战,其中对骨髓细胞形态与数量的精确分析是实现准确诊断的关键环节.传统的检查手段主要依赖于人工操作,效率和精度受到制约,难以满足现代医疗诊断的严苛要求.针对骨髓细胞图像分类的挑战,本研究利用深度学习技术,优选了 Vision Transformer(ViT)作为基础模型,对其分类进行深入研究.为进一步优化模型的分类性能,创新设计了一个基于卷积的Input Embedding模块.该模块巧妙地结合了卷积神经网络的优势和注意力机制的长处,从而更有效地捕捉和编码骨髓细胞图像中的关键特征.通过融合Input Embedding模块,改进后的模型(Rc-ViT)在处理各种骨髓细胞图像时展现出了更高的精确性.实验结果表明,与原ViT模型相比,Rc-ViT的准确率提升了 0.024 9,性能显著增强.特别是在处理数据量较少的细胞类别时,精确率和召回率分别提升了 0.036 0和0.150 0,不仅验证了该方法在增强模型对少数类别细胞识别上的有效性,而且减少了数据量不足对特征学习的影响.此外,该模型在细胞分类的准确性和一致性方面也取得了显著进步,为医疗诊断的可靠性和重复性提供了有力支持.

    深度学习骨髓细胞图像VisionTransformer模型注意力机制

    征稿启事

    后插1-后插3,封3页