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期刊信息/Journal information
基因组学与应用生物学
基因组学与应用生物学

李宁

双月刊

1674-568X

gab@gabcn.org

0771-3232621，3239102

530004

广西南宁市大学东路100号广西大学西校园榕江路《基因组学与应用生物学》编辑部111室

基因组学与应用生物学/Journal Genomics and Applied BiologyCSCD北大核心CSTPCD
查看更多>>本刊为基因组时代的理论与应用生物学提供服务的科学杂志,将面向基因组学、分子遗传学、生化与分子生物学等基础学科领域，着重刊登农林科学、医药科学、动物科学、环境、生态领域的研究成果。
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    凋亡信号调节激酶1信号通路在肾脏疾病中的作用

    程苏李婷婷王艳茹邵命海...
    1-8页
    查看更多>>摘要：凋亡信号调节激酶1(apoptosis signal-regulating kinase 1,ASK1)是丝裂原激活蛋白激酶激酶激酶(mitogen-activated protein kinase kinases kinase,MAP3K)的家族成员之一,可以响应氧化应激、内质网(endoplasmic reticulum,ER)应激等多种应激刺激,从而激活下游丝裂原激活蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase,MAPK)中的c-Jun N末端激酶(c-Jun N-terminal kinase,JNK)和 p38 丝裂原激活蛋白激酶(p38 mitogen-activated protein kinase,p38 MAPK)信号通路,调节细胞凋亡、炎症和纤维化,介导急性肾损伤(acute kidney injury,AKI)、糖尿病肾病(diabetic kidney disease,DKD)、心肾综合征(cardio-renal syndrome,CRS)等多种肾脏疾病的进展.本文讨论了ASK1主要的激活和失活机制及其在多种肾脏疾病进展中的作用,对ASK1的抑制剂GS-4997、GS444217和GS459679进行了概述,探究ASK1抑制剂在临床应用中的潜力.

    凋亡信号调节激酶1(ASK1)急性肾损伤糖尿病肾病ASK1抑制剂

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    CIDEA基因在动物脂代谢中的作用及表达调控的研究进展

    孙雨婷史怀平吴晓民李君...
    9-16页
    查看更多>>摘要：诱导细胞凋亡 DFF45 样效应子 A(cell death inducing DNA fragmentation factor 45 like effector A,CIDEA)参与调控脂代谢的各个方面,包括脂肪分解、脂滴的生长和融合、脂质的积累和脂肪酸的氧化.脂代谢广泛影响着动物的生长、发育和繁殖,脂肪含量与乳和肉的品质密切相关.近年来对于CIDE4基因在脂代谢方面的研究越来越深入,取得了一些进展.本文对CIDEA的结构特点、CIDEA基因组织表达、转录调控、营养物质和激素对其表达影响及其在动物脂代谢中的作用等几个方面的研究进展进行了综述,旨在为研究CIDEA基因影响动物脂代谢网络调控机制提供参考.

    CIDEA基因脂代谢组织表达表达调控

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    九翅豆蔻叶绿体基因组特征及其密码子偏好性分析

    傅武祥郭雨桐张雪梅马占霞...
    17-30页
    查看更多>>摘要：为探究九翅豆蔻(Amomum maximum)叶绿体全基因组(chloroplast DNA,cpDNA)特征和密码子使用偏好性,本研究利用Illumina HiSeq测序平台对九翅豆蔻叶绿体全基因组进行测序,通过组装与注释得到叶绿体基因组全序列,使用MI-SA、IQTREE和CodonW等软件对九翅豆蔻叶绿体全基因组的微卫星位点(microsatellite site)、密码子偏好性及系统发育进行分析.结果表明,九翅豆蔻完整叶绿体全基因组长度为163 602 bp,基因组平均G+C含量为36.1％,其大单拷贝(large sin-gle copy,LSC)区和小单拷贝(small single copy,SSC)区长度分别为 88 626 bp 和 15 426 bp,两个反向重复(inverted repeat,IR)区长度为29 775 bp.九翅豆蔻叶绿体基因组共编码132个基因,包含86个蛋白编码基因、38个tRNA基因和8个rRNA基因.叶绿体基因组序列上共检测到132个简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)位点.其中单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸和五核苷酸数量分别为65、35、5、24、3个,绝大多数属于单碱基重复的A/U类型.系统发育分析显示九翅豆蔻在豆蔻属(Amomum)植物中单独聚为一支.这为九翅豆蔻种质资源鉴定、评价及物种形成机制研究奠定了基础.

    九翅豆蔻叶绿体基因组微卫星位点密码子偏好性系统发育分析

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    水稻抗褐飞虱基因Bph3和Bph24(t)的聚合育种利用

    王萱马茜茜杨金莲伍虎...
    31-44页
    查看更多>>摘要：在水稻(Oryza sativa)的生产实践中,常常会受到褐飞虱(Nilaparvatal lugens)等多种病虫害的威胁.聚合不同抗性基因,培育抗性品系,是应对各种生物胁迫最有效的策略.传统香稻由于其自身抗性等条件限制,无法大面积推广.本研究结合分子标记辅助选择(marker-assisted selection,MAS)技术,以含有抗褐飞虱基因Bph3或Bph24(t)的供体亲本与含有抗稻瘟病基因(Pi2、Pib 或Pimh)、抗白叶枯病基因(Xa23)或香味基因(badh2)的优质三系杂交水稻保持系和恢复系进行多亲本复合杂交.将抗褐飞虱基因聚合到优良水稻品系中,筛选获得41个含有抗褐飞虱基因且与其他目的基因以不同组合方式相聚合的稳定品系.抗性鉴定、香味检测和农艺性状测定表明,各聚合品系的褐飞虱抗性水平较受体亲本均有明显提升,且具有双抗、三抗和/或香味等优良表型.这些新品系为多抗、优质水稻新品种的选育提供新的种质材料.

    褐飞虱稻瘟病抗性育种香味分子标记辅助选择

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    宁夏枸杞与茄科其他植物线粒体基因组的比较与系统进化分析

    陈柏宇李翔田燕邢帝达...
    45-62页
    查看更多>>摘要：本研究以宁夏枸杞(Lycium barbarum)的主栽品种'宁杞1号'为参照,分别从基因构成、内含子分布、同源共线性、保守基因簇、重复序列,以及系统进化等方面与 目前已报道的辣椒(Capsicum annuum)、茄子(Solanum melongena)、马铃薯(S.tuberosum)、番茄(S.lycopersicum)、天仙子(Hyoscyamus niger)和烟草(Nicotiana tabacum)等六种茄科(Solanaceae)植物的线粒体基因组进行比较分析,以进一步了解它们的线粒体基因组在结构组成上的异同和亲缘关系.结果表明,茄科不同植物的线粒体基因组大小差异较大,从413 881 bp(宁夏枸杞)到688 698 bp(马铃薯)不等,基因数量在61～71个,其中的蛋白质编码基因除在宁夏枸杞和辣椒中为单拷贝以外,在茄科其他植物中均出现不同程度的多拷贝现象.宁夏枸杞分别与茄子(16个)、马铃薯(16个)和天仙子(15个)共有较多数量的保守基因簇.通过线粒体基因组重复序列分析发现,宁夏枸杞与辣椒的重复序列数量接近,但宁夏枸杞中的简单重复序列(simple sequence repeat)和长度大于1 000 bp的散在重复序列(dis-persed sequence repeat)在所比较的茄科植物中数量最少.进化分析结果显示,宁夏枸杞与天仙子亲缘关系最近,与烟草的亲缘关系最远.研究结果为进一步揭示茄科植物线粒体基因组在进化过程中的结构变化和功能研究提供参考.

    线粒体基因组宁夏枸杞茄科植物进化分析

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    白花除虫菊叶绿体基因组特征及系统发育研究

    吕薇付瀚森李伽文刘科新...
    63-77页
    查看更多>>摘要：白花除虫菊(Tanacetum cinerariifolium)是全球唯一集约化种植的杀虫园艺作物,从其头状花序提取的天然除虫菊酯广泛应用于有机农业和家居害虫防控,具有极高的商业价值.本研究通过Illumina HiSeq 2500测序平台对白花除虫菊叶绿体基因组进行了测序,并对其结构特征及系统进化关系进行了分析.结果表明,白花除虫菊叶绿体基因组为典型的四分体结构,基因组大小为150 171 bp,包括84个蛋白质编码基因、37个转运RNA基因和8个核糖体RNA基因;密码子偏好性分析发现其叶绿体基因组中密码子末端偏好以A和U结尾,其中亮氨酸的密码子是最常用的,其使用UUA密码子的频率最高,RSCU值为1.88.在其叶绿体基因组中鉴定到简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)位点共41个,包含37个单核苷酸重复序列、4个复合型核苷酸重复序列;基于菊科(Asteraceae)39个叶绿体基因组序列构建的系统发育树表明,其叶绿体基因组高度保守,除近缘红花除虫菊(T.coccineum)外,除虫菊类与同为菊科的植物蒿子杆(Ismelia carinata)亲缘较近.本研究结果能为白花除虫菊分子标记的开发、遗传多样性,以及为进一步研究菊蒿属(Tanacetum)植物的保护生物学和种群遗传学奠定基础.

    除虫菊酯叶绿体基因组基因组比较分析系统发育分析白花除虫菊

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    基于RNA-seq的无量山乌骨鸡(Gallus gallus)肝脏脂代谢相关miRNAs的筛选

    施艳燕段俊保欧正淼周杰珑...
    78-90页
    查看更多>>摘要：为研究无量山乌骨鸡(Gallus gallus)肝组织脂代谢相关miRNA(microRNA)在不同发育阶段的表达特征,本研究采集出壳当日(D1)和168日龄(D168)母鸡肝组织样品作为试验材料,利用DNBSEQ平台进行测序,采用DEGseq筛选差异表达的miRNA及其靶基因,随机选取9个差异表达miRNA进行RT-qPCR验证,KEGG通路分类筛选出脂代谢相关miRNA并进行聚类分析,预测脂代谢相关miRNA靶基因并进行GO和KEGG通路功能富集,构建脂代谢相关miRNA和靶基因关联网络.分析结果表明,筛选出106个差异表达miRNAs,包括54个上调miRNA和52个下调miRNA;聚类得到41个脂代谢相关的miRNAs;预测到38个靶基因,对靶基因的功能注释确定主要富集于甘油磷脂代谢、脂肪酸代谢和鞘脂代谢等脂质代谢相关通路,novel-gga-miR2311-5p-DGKZ、novel-gga-miR2047-3p-ACACA、novel-gga-miR866-3p-DGKH 是脂代谢相关候选miRNA-mRNA关系对.研究提示无量山乌骨鸡肝组织miRNA在不同发育阶段的表达特征存在差异,研究结果可为无量山乌骨鸡肝组织miRNA调控脂代谢的分子机制提供参考.

    无量山乌骨鸡肝组织脂代谢miRNA

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    斑马鱼中kdm4aa基因对低温耐受能力的影响

    张瑶罗军涛张梦冉韩丽洁...
    91-99页
    查看更多>>摘要：为了研究赖氨酸特异性去甲基化酶4aa(lysine demethylase 4aa,kdm4aa)在斑马鱼(Danio rerio)低温耐受能力中的作用,本研究通过实时定量PCR检测kdm4aa-/-斑马鱼中kdm4其他家族成员的表达水平和低温处理后野生型(wild type,WT)斑马鱼中kdm4aa基因的表达水平;通过斑马鱼行为轨迹跟踪系统检测低温下kdm4aa-/-幼鱼的运动能力;采用逐级降温方法检测kdm4aa/-斑马鱼低温耐受能力;通过DCFH-DA荧光探针、ATP检测试剂盒、Western blot检测低温下kdm4aa-/-斑马鱼中活性氧(reactive oxygen species,ROS)、腺苷三磷酸(adenosine triphosphate,ATP)、磷酸化组蛋白 H2A.X(gamma histone H2A.X,γH2A.X)和微管相关蛋白 1 轻链 3(microtubule-associated protein 1 light chain 3,LC3)水平.实时定量PCR 结果显示,kdm4aa/-斑马鱼中kdm4ab、kdm4b基因的mRNA水平补偿性增加,kdm4c基因的mRNA水平与野生型斑马鱼的相比无显著性差异.斑马鱼行为轨迹跟踪系统检测发现,在18℃低温下,kdm4aa基因失活后斑马鱼幼鱼的移动距离显著增加.8℃低温下,野生型斑马鱼中kdm4aa基因的mRNA水平显著升高.与野生型斑马鱼相比,低温处理后kdm4aa-/-斑马鱼的半数致死时间LT50显著降低(P＜0.000 1);ROS水平显著升高(P＜0.000 1);ATP含量显著降低(P＜0.01);γH2A.X蛋白水平上升;LC3蛋白水平下降.结果表明:在低温环境下,kdm4aa-/-斑马鱼的ROS积累导致ATP合成能力降低和DNA损伤增加,同时kdm4aa-/-斑马鱼自噬能力降低,从而使斑马鱼的低温耐受能力降低.

    kdm4aa基因斑马鱼低温耐受DNA损伤

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    茶谷蛾触角气味结合蛋白基因分析

    曲浩王雪松罗梓文王凯博...
    100-108页
    查看更多>>摘要：茶谷蛾(Agriophara rhombata Meyr.)触角上表达的嗅觉相关基因是其交配、寻找食物来源、寻找产卵地、避免有害化合物等行为的重要分子基础.为了研究茶谷蛾触角的嗅觉机制,分析了雌雄蛾触角功能差异,并筛选触角气味结合蛋白基因,本研究采用转录组测序和实时定量PCR技术,对茶谷蛾雌、雄蛾触角的基因表达情况进行了分析,共注释到37 666个基因,其中雌、雄蛾共有的表达基因数目为34 720个,雌蛾特有表达基因有1 739个,雄蛾特有表达基因有1 207个.在雌、雄蛾触角中共鉴定到170个化学感受相关基因,包括33个气味结合蛋白基因(odorant binding protein genes,OBPs),42个味觉受体基因(gustatory receptor genes,GRs),12 个化学感受蛋白基因(chemosensory protein genes,CSPs),52 个嗅觉受体基因(olfactory receptor genes,ORs),27 个离子型受体基因(ionotropic receptor genes,IRs),4 个感觉神经元膜蛋白基因(sensory neuron membrane protein genes,SNMPs).OBP 蛋白基因中 16 个聚集在信息素结合蛋白基因(pheromone-binding protein genes,PBPs)亚家族,14个聚集在普通气味结合蛋白基因(general odorant-binding protein genes,GOBPs)亚家族,3个聚集在触角结合蛋白基因(antennal binding protein genes,ABPs)亚家族.本研究为茶谷蛾嗅觉分子机制研究提供了线索,为茶谷蛾嗅觉机制的研究以及茶谷蛾绿色防控药剂的开发奠定了基础.

    茶谷蛾触角转录组嗅觉相关基因气味结合蛋白基因

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    花鲈igf3基因SNP位点的鉴定及其与生长性状的关联分析

    陶欣邱丽华张博王鹏飞...
    109-116页
    查看更多>>摘要：花鲈(Lateolabrax maculatus)是我国最重要的海水经济鱼类之一,近年来其年产量已突破19万吨,是构成我国"菜篮子"工程的重要组成部分.但是,由于缺乏有效的遗传标记导致花鲈良种选育技术不成熟,这成为限制我国花鲈产业健康发展的主要瓶颈之一.为筛选花鲈胰岛素样生长因子3(insulin-like growth factor 3,igf3)基因的单核苷酸多态性(single nucleo-tide polymorphism,SNP)位点以及了解其与生长性状的关联性,本研究对同批次9月龄花鲈群体开展igf3基因SNP位点筛选及其与生长性状的关联性分析.实验结果显示,花鲈igf3基因上存在4个SNP位点,分别位于起始密码子下游C+2 990T、G+3 037A、C+3 303G、G+3 602A处,其中前3个位点位于内含子区,第4个位点位于外显子区.尽管单个SNP位点与花鲈生长性状之间并无显著关联性(P＞0.05),但双倍型与花鲈生长性状之间却表现出明显的关联性(P＜0.05).其中,双倍型D2(CCGAGGC)花鲈个体各生长性状表现最优,其体重、头长、体高和体宽均显著高于D3型(CTGGCGCC)个体的(P＜0.05).本研究为筛选具备生长优势的花鲈提供了候选基因,有利于花鲈育种工作的开展.

    花鲈igf3单核苷酸多态性(SNP)生长性状

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