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期刊信息/Journal information
中国人兽共患病学报
中国微生物学会
中国人兽共患病学报

中国微生物学会

严延生

月刊

1002-2694

rsghb@fjcdc.com.cn

0591-87552018

350001

福建省福州市津泰路76号

中国人兽共患病学报/Journal Chinese Journal of ZoonosesCSCD北大核心CSTPCD
查看更多>>本刊为全国性科技期刊，是国内医学、兽医学专业人员进行学术交流的重要园地，探讨和交流同类微生物在人畜间感染、发病的特点及相互关系的理论；总结和介绍人兽共患病专业的研究成果和防制经验。
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收录年代

    鸭源肠致病性大肠杆菌的耐药特征及全基因组学分析

    李俊霖胡家萌汪骆李佳芮...
    701-707页
    查看更多>>摘要：目的 了解鸭源肠致病性大肠杆菌(EPEC)的耐药情况及全基因组特征,探究鸭源EPEC的致病潜力,为临床治疗提供理论基础.方法 PCR鉴定出EPEC分离株,采用微量肉汤稀释法进行药敏试验,并对其进行全基因组测序,分析EPEC的血清型、ST型、质粒不相容群类型及其携带的耐药基因与毒力基因.结果 共鉴定出10株EPEC,血清型包括O71:H40和O3∶H21两种;所有EPEC菌株均表现出多重耐药,对环丙沙星、链霉素、四环素、多粘菌素B最为耐药,耐药率高达100％,对头孢西丁最为敏感,对阿米卡星、亚胺培南较敏感;所有菌株均携带有四环素耐药基因tet(A),以及超广谱β-内酰胺酶(ESBL)耐药基因,包括bla OXA-10、bla TEM-1A、bla TEM-1B;分离株检测到多种毒力基因,与分泌系统相关的毒力基因最多,未检测到bfp基因及perABC基因.结论 鸭源EPEC分离株都为非典型EPEC(aEPEC),具有多重耐药性,检测到多种质粒不相容群,携带多种耐药基因与毒力基因,对人具有潜在致病性,需要加强对鸭源EPEC的监测以有效控制鸭源EPEC的传播,防止其对人类健康造成危害.

    肠致病性大肠杆菌耐药性全基因组测序耐药基因毒力基因

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    2008-2022年福建省O1群霍乱弧菌人源株基因组特征研究

    柯自立张小玄徐海滨高亚东...
    708-715页
    查看更多>>摘要：目的 了解福建省O1群霍乱弧菌人源株基因组特征,为深入开展霍乱分子流行病学研究提供依据.方法 收集2008-2022年福建省霍乱病例和带菌者来源O1群霍乱弧菌16株,肉汤稀释法检测抗生素最小抑菌浓度(MIC).运用二代测序技术得到全基因组序列;利用snippy、Roary、Prokka等开源软件及NCBI、BacWGSTdb等在线分析网站进行核心基因组多位点序列分型(cgMLST)、核心基因组单核苷酸多态性分析(cgSNP)、毒力基因和耐药基因预测、泛基因组多样性的分析.结果 福建省霍乱弧菌分为5个ST(sequence type)型别,其中新发现的ST182和ST1480型是当前我国优势克隆群ST75型的进化分支,并与2010年和2013年的台湾株高度同源.产毒株和非产毒株均不同程度地携带各种毒力因子并发生变异;预测出7大类13个耐药基因,其中黏菌素类、四环素类耐药基因携带情况与耐药表型一致.泛基因组学分析发现霍乱弧菌拥有1个开放的泛基因组,Roary聚类分析表现出比cgMLST更高的分辨率.结论 福建省O1群霍乱弧菌人源株的基因组结构和功能具有多态性,新发的ST1480型克隆群具有流行潜力,需加强对此类菌株的监测.

    霍乱弧菌全基因组测序生物信息学分析核心基因组多位点序列分型泛基因组

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    新疆喀什地区腹泻羔羊源产ESBL大肠杆菌的耐药性和系统进化分群研究

    胡芸郑百利陈伟丽程雅玲...
    716-722页
    查看更多>>摘要：目的 了解新疆喀什地区腹泻羔羊源产ESBL大肠杆菌的流行情况及耐药性,指导临床大肠杆菌病的防治.方法 采集385份喀什地区腹泻羔羊肛周粪便,分离得到371株大肠杆菌,通过双纸片协同法筛选产ESBL大肠杆菌,对筛选到的菌株进行耐药基因鉴定、耐药性分析和系统进化分群研究.结果 371株大肠杆菌中204株为产ESBL菌株,blaCTX-M、blaCTX-M-1G、blaCTX-M-9G和blaTEM耐药基因携带率分别为67.65％、69.12％、30.39％和63.73％,产ESBL阳性菌株均为多重耐药,对氨苄西林、头孢噻肟、庆大霉素、恩诺沙星、阿奇霉素、四环素、氯霉素、甲氧苄啶、氨曲南8种药物的耐药率为90.69％～100％,系统进化分群主要分布于A群和D群,其中A群菌株以10重耐药为主(41.11％),D群菌株以11重耐药为主(40％).结论 产ESBL菌株大肠杆菌是引起喀什地区羔羊腹泻的主要病原菌,以A群为主,且均为多重耐药.

    腹泻羔羊大肠杆菌ESBL药敏试验系统进化分群

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    河南省人源和食源多重耐药致泻大肠埃希氏菌耐药特征与基因组分析

    戚浩彧李艳芬王钰邱正勇...
    723-731页
    查看更多>>摘要：目的 了解河南省临床和食品来源中多重耐药的致泻大肠埃希氏菌的耐药性和基因组特征.方法 对2017-2022年河南省分离的101株多重耐药致泻大肠埃希氏菌,通过微量肉汤稀释法进行抗生素敏感性实验.基于全基因组测序结果分析其耐药基因、多位点序列分型、质粒类型并基于核心基因组单核苷酸多态性位点(cgSNPs)构建系统发育树.结果 101株多重耐药的致泻大肠埃希氏菌对氨苄西林、四环素、萘啶酸的耐药率最高,分别为87.1％、79.2％、64.4％;对头孢噻肟的耐药率为38.6％.全基因组测序数据表明:101株分离株可被分为60种ST型,其中ST10、ST1491、ST38是优势型别;101株分离株共预测出23种质粒类型,其中携带率最高的类型为IncFIB.分离株携带喹诺酮类、氨基糖苷类、β-内酰胺酶类、四环素类等多种耐药基因,其中超广谱β-内酰胺酶基因blaCTX-M-14和blaCTX-M-55上下游遗传环境中均存在插入序列(IS26、IS903B、ISECP1).结论 河南省人源和食源多重耐药的致泻大肠埃希氏菌具有较高的遗传多样性,整体耐药水平较高,其blaCTX-M基因的传播可能与插入序列(IS)有关.

    多重耐药致泻大肠埃希氏菌全基因组测序耐药性blaCTX-M

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    参考文献在文内的标注格式

    731页
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    上海市首次自腹泻患者中检出格隆柏沙门菌的表型和分子特征研究

    王闻卿黄卫春苏靖华尤舒琪...
    732-738页
    查看更多>>摘要：目的 研究上海市首次自腹泻患者中检出格隆柏沙门菌的表型和分子特征,为沙门菌病防控提供依据.方法 对格隆柏分离株(2023JD76)进行生化鉴定、血清凝集试验、抗菌药物敏感性试验以及全基因组测序(whole genome sequencing,WGS).收集全球格隆柏沙门菌全基因组序列,进行血清分型、多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)、耐药基因和毒力基因预测,分析2023JD76与全球株的系统进化关系.结果 2023JD76血清分型符合抗原式(Sal-monella Grumpensis,13,23:d:1,7),对20种抗菌药物均敏感,MLST型预测为2060(ST2060),携带氨基糖甙类药物耐药基因aac(6')-Iaa和5类毒力基因,包括黏附基因csg、rat,分泌和转运基因sip、inv,伤寒毒素基因cdt、plt,侵袭性基因营养代谢因子mgt和抗菌肽抗性因子mig.36株全球格隆柏菌株共携带10种耐药基因,不同毒力基因携带率为58.33％～100％.进化树将全球格隆柏沙门菌基因组分为2个支系,支系Ⅰ以ST751(88.89％,16/18)为主,支系Ⅱ以ST2060(89.47％,17/19)为主.本次分离菌株2023JD76处于支系Ⅱ内,其序列型与全球人源粪便株和人源脑脊液株全基因组序列密切相关.结论 本研究首次分离国内腹泻患者中的格隆柏沙门菌,不同地理来源菌株间耐药表型差异大,应加强监测以防范全球潜在的传播风险.

    格隆柏沙门菌全基因组测序多位点序列分型耐药基因毒力基因

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    2014-2018年江苏省人源喹诺酮耐药1,4,[5],12:i:-沙门氏菌的基因组学初步分析

    郑东宇马恺周翌婧吴高林...
    739-744页
    查看更多>>摘要：目的 分析江苏省喹诺酮耐药1,4,[5],12:i:-沙门氏菌分子流行病学特征.方法 用cgMLST分析江苏省及欧美来源菌株的分子流行病学特征,并初步分析喹诺酮耐药1,4,[5],12:i:-沙门氏菌可能的传播特征.结果 13株喹诺酮耐药1,4,[5],12:i:-沙门氏菌共注释11大类抗性基因(Antibiotic resistance genes,ARGs).其中氨基糖苷类ARGs检出率最高(100％);12株喹诺酮耐药菌株(92.3％)均携带IncHI2/IncHI2A质粒类型;不同国家/地区来源菌株质粒介导喹诺酮耐药(PMQR)基因携带分析显示美国及欧洲来源菌株携带6类PMQR基因,qnrB19检出率最高.江苏省来源菌株携带3类PMQR基因类型,aac(6')-Ib-cr检出率最高(11.84％);不同国家/地区来源菌株cgMLST位点差异分析显示形成3个主要流行谱系.结论 江苏省人源喹诺酮耐药1,4,[5],12:i:-沙门氏菌分离株与欧美菌株可能具有共同进化来源,PMQR基因携带水平存在国家/地区差异.

    1,4,[5],12:i:-沙门氏菌喹诺酮耐药分子流行病学

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    2018-2021年北京市某区腹泻病例粪便中肺炎克雷伯菌的病原学和分子特征分析

    张爽赵娟刘畅王海瑞...
    745-749,757页
    查看更多>>摘要：目的 了解北京市某区腹泻病例粪便中肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae,KP)的病原学和分子特征.方法 收集2018-2021年北京市某区门诊腹泻病例的粪便样本,进行KP分离培养鉴定,对KP分离株进行耐药表型检测和全基因组测序,测序结果进行多位点序列分析(Multilocus sequence typing,MLST)并建立全基因组系统进化树,同时分析病例的流行病学和临床特征.结果 2018-2021年共检测粪便样本1 103份,KP总检出率10.43％(115/1 103),与其他致泻病原的混合感染率为42.61％(49/115).女性阳性检出率稍高,为12.47％(61/489),16～45岁的青壮年检出最多,在1月、4～5月和8～9月3个时间段分别出现阳性小高峰.病例消化道症状以恶心为主,多为水样便.115株KP菌株耐药率前3位为氨苄西林、四环素和磺胺异噁唑,共有29株菌株对3类以上抗生素耐药.菌株共分为72种序列型(Sequence type,ST),其中ST23型最多,系统进化树显示菌株可分为4个主要分支,其中有14株ST23型菌株与高毒力NTUH-K2044参考株亲缘关系非常接近.结论 北京市某区腹泻病例粪便样本中持续存在KP感染,女性、青壮年易感.本地区KP耐药情况严峻,ST型多样,且存在与高毒力菌株亲缘关系非常接近的ST23型致病菌株.

    肺炎克雷伯菌药敏全基因组测序

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    2017-2022年武汉地区儿童食源性疾病监测中沙门氏菌感染情况和耐药性分析

    聂丽邓颖罗万军唐锋...
    750-757页
    查看更多>>摘要：目的 分析2017-2022年武汉地区食源性疾病主动监测中儿童沙门氏菌感染率、血清型分布及耐药率,为儿童群体的食源性疾病防控工作提供依据.方法 收集2017-2022年武汉地区儿童食源性疾病病例和病例粪便标本病原学监测结果,应用SPSS 22.0进行统计分析.结果 共监测病例1 180例,检出281株沙门氏菌,平均检出率为23.81％.沙门氏菌包含27种血清型,以鼠伤寒沙门菌138株(49.11％)和肠炎沙门菌37株(13.17％)为主.沙门氏菌阳性病例中,男女病例比为1.58∶1,检出率最高的年龄组为7～18岁组(34.48％).可疑暴露食品中乳与乳制品、水果类及其制品、粮食类及其制品的沙门氏菌检出率较高.沙门氏菌在第3季度检出率最高(44.64％),不同季节沙门氏菌样本阳性率差异有统计学意义(x2=178.483,P＜0.05).沙门氏菌感染患儿主要临床表现为发热(87.19％)和腹泻(96.44％),腹泻以水样便为主,占51.96％.沙门氏菌对14种抗生素均有不同程度的耐药(1.08％～75.99％),耐药率居前3位的抗生素分别是氨苄西林(75.99％)、四环素(68.10％)和头孢唑啉(50.18％).结论 武汉地区儿童食源性疾病沙门氏菌检出存在明显的季节性,各类可疑暴露食品中均有检出,血清型构成呈多态性,沙门氏菌耐药率较高,要继续加强食源性疾病主动监测和沙门氏菌耐药监测.

    食源性疾病沙门氏菌儿童耐药性

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    基于全基因组测序分析1起产气荚膜梭菌导致的腹泻暴发事件

    闫爱霞潘艳艳康颖李首飞...
    758-762,773页
    查看更多>>摘要：摘 要:目的 对1起产气荚膜梭菌导致腹泻暴发事件进行病原学分析.方法 采集病例肛拭子样本和环境涂抹样本,肛拭子样本增菌前后分别进行产气荚膜梭菌plc和cpe基因荧光PCR检测和产气荚膜梭菌分离培养,对分离菌落进行全自动生化鉴定和飞行时间质谱鉴定.对鉴定为产气荚膜梭菌的分离株进行全基因组测序,分析菌株携带毒力基因和耐药基因情况,基于全部分离株核心基因组单核苷酸多态性进行遗传聚集性分析.结果 未增菌的病例肛拭子cpe和plc基因检出率分别为46.15％(6/13)和53.85％(7/13),基于BHI厌氧增菌后病例肛拭子cpe和plc基因检出率分别为38.46％(5/13)和53.85％(7/13);10名病例肛拭子分离到产气荚膜梭菌,均为F生物型(携带毒力基因分布plc+/cpb-/etx-/iA一/cpe+/cpb2+/netB-),10个分离株基于cgSNP构建的聚类树形成2个相互独立且遗传距离较远的分支,Lineage 1仅分布1株,为ST589,携带耐药基因为erm(Q),Lineage 2分布9株,为ST149,携带耐药基因为tetB(P),为一组高度克隆化的菌株.结论 本次暴发事件由F型产气荚膜梭菌所导致,且多数病例感染一组cpe+高度克隆化菌株.全基因组测序技术可应用于产气荚膜梭菌暴发事件病原学分析,基于肛拭子样本的产气荚膜梭菌增菌方法和分子筛查方法有待开发和应用.

    产气荚膜梭菌cpe基因全基因组测序腹泻

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