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期刊信息/Journal information
中国畜牧兽医
中国农业科学院北京畜牧兽医研究所
中国畜牧兽医

中国农业科学院北京畜牧兽医研究所

李琍

月刊

1671-7236

zgxmsy@caas.cn

010-62811226，62810371，62816020

100193

北京市海淀区圆明园西路2号

中国畜牧兽医/Journal China Animal Husbandry & Veterinary Medicine北大核心CSTPCDCSCD
查看更多>>《中国畜牧兽医》于1974年2月创刊，是国家新闻出版行政主管部门2014年第一批资质认定的学术期刊，前身为《国外畜牧科技》，2002年更名为《中国畜牧兽医》，是“中国精品科技期刊”、“中国科技核心期刊”、北大《中文核心期刊要目总览》、“中国农林核心期刊”和“RCCSE中国核心学术期刊(A)”收录期刊。本刊设有营养与饲料、生理生化、生物技术、遗传繁育、基础兽医、预防兽医、临床兽医、质量安全、环境安全等栏目。
正式出版
收录年代

    基于机器学习的地方鸡产蛋曲线拟合探索

    郭军曲亮邵丹窦套存...
    3428-3437页
    查看更多>>摘要：[目的]本研究探索以机器学习方法对2个地方鸡品系周产蛋率建模,并将其与非线性回归方法比较,旨在提高养鸡生产中产蛋曲线的拟合精度.[方法]产蛋数据采集自地方鸡杂交组合试验群,自22周龄开始统计产蛋数,至50周龄截止.试验鸡于全封闭鸡舍单笼饲养,产蛋期人工补光16 h.试验鸡分为两组,每组150只鸡.第Ⅰ组是黄羽肉鸡合成系,第Ⅱ组是兼用型地方鸡种.以IBM SPSS Statistics 21.0软件中的非线性回归方法拟合产蛋曲线,所用模型包括Logistic模型、McNally模型、杨宁模型以及Grossman模型.以MATLAB R2014a构建机器学习模型,神经网络选用多层感知器,用300次迭代的拟牛顿法训练数据.以贝叶斯最小二乘支持向量机构建产蛋模型,针对正则项系数和核函数参数进行优化.[结果]依据MSE、R2、AIC评判标准,Grossman模型在4种非线性回归模型中拟合度最好,McNally模型表现最差.McNally模型预测的高峰产蛋率偏离真实值;Logistic模型、杨宁模型以及Grossman模型高峰产蛋率统计值与真实值基本相符.两组试验鸡的模型参数不同,Ⅱ组持续产蛋能力优于Ⅰ组.基于MSE、R2以及图形评估结果,神经网络优于传统的非线性方程拟合,而支持向量机略好于神经网络.优化后神经网络参数为2个隐藏层,每个隐藏层包含5个神经元.第Ⅰ组支持向量机的正则项系数为30.97,核参数为0.0701;第Ⅱ组支持向量机的正则项系数为566.53,核参数为0.1754.[结论]机器学习方法可用于产蛋模型构建,相比于传统单变量回归方法,机器学习方法可加入更多变量,提供更准确的预测.

    人工神经网络支持向量机非线性回归产蛋曲线鸡

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    基于全基因组重测序检测中国地方猪的体型选择信号

    马烨刘玉强吴煜伟李广祯...
    3438-3446页
    查看更多>>摘要：[目的]利用全基因组选择信号检测方法探索中国地方猪基因组中与体型相关的候选基因,分析中国地方猪在进化和驯化过程中的受选择情况.[方法]基于310头地方猪的全基因组重测序数据,利用跨群体扩展单倍型纯合(cross population extended haplotype homozygosity,XP-EHH)和固定分化指数 FST统计量(fixation index)两种方法进行全基因组选择信号检测.取两种方法各前0.1％位点的交集作为候选位点,分别向上、下游延伸200 kb作为潜在受选择区域.通过富集分析进一步探索选择信号的生物学功能.[结果]使用XP-EHH和FST两种方法共检测到633个潜在受选择位点,获得633个潜在区域,共注释到133个基因.数量性状基因座(quantitative trait locus,QTL)富集分析发现,不同体型中国地方猪之间的选择信号与肉质和胴体性状相关;染色质状态富集结果发现,不同体型中国地方猪群体之间的差异组织为内脏、消化系统和小脑.GO功能和KEGG通路富集分析发现16个基因在6个功能条目(P＜0.05,count＞3)上显著富集,主要集中在生长代谢相关通路,其中ACSM5、ACSM4、FXR1和FOXA2作为候选基因主要富集于脂肪酸合成与代谢、肌肉生长发育等信号通路.[结论]本研究采用两种选择信号检测方法对不同体型的中国地方猪进行了分析,筛选到一系列候选位点和基因,重点挖掘了参与猪生长发育的候选基因,如ACSM5、ACSM4、FXR1和FOXA2.

    中国地方猪选择信号全基因组重测序跨群体扩展单倍型纯合(XP-EHH)固定分化指数(FST)

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    基于GBS测序技术分析云上黑山羊主配公羊亲缘关系及近交系数

    李子健江炎庭兰蓉朱兰...
    3447-3460页
    查看更多>>摘要：[目的]探究云上黑山羊主配公羊的亲缘关系及近交系数,构建肉羊高效联合育种体系,提升云上黑山羊生产性能和可持续发展力.[方法]采用简化基因组测序(genotyping-by-sequencing,GBS)技术对云上黑山羊5个核心育种场(XD、ZY、ML、SB、TJ)的100只主配公羊进行测序,并使用BWA、SAMTOOLS、PLINK v 1.90、Gmatrix v 2、Mega X等软件进行质控后高质量单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点鉴定、主成分分析(PCA)、状态同源距离矩阵(identical by state,IBS)和G矩阵构建、群体进化树分析、亲缘系数计算及近交系数估计.[结果]GBS质控后共获得215 926个高质量SNPs位点;共检测到8 692条连续性纯合片段(runs of homozygosity,ROH),长度在10.59～591.23 Mb之间,平均长度245.74 Mb.云上黑山羊主配公羊群体平均IBS遗传距离为0.118±0.011,亲缘关系G矩阵结果与IBS距离矩阵结果一致.结合群体进化树和亲缘关系分析,100只云上黑山羊被分为三大支和28个家系,其中家系2、11、13、14、16、17、18、20、23、24、25仅有1只公羊,XD、ZY、ML、SB、TJ核心育种场分别有18、10、8、5和8个家系;基于ROH的群体平均基因组近交系数为0.099641,29只公羊的近交系数＜0.0625,39只公羊的近交系数在0.0625～0.125之间,32只公羊近交系数＞0.125,存在较大的近交累积.[结论]100只云上黑山羊主配公羊被分为28个家系,其中11个家系仅有1只公羊,应加强繁育防止其血统的流失,配种方案制定中应关注近交系数＞0.125的个体,防止近交衰退,同时根据不同的育种目标合理进行种公羊的交换.

    云上黑山羊主配公羊简化基因组测序(GBS)亲缘关系近交系数

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    鸡精液甘油简易冷冻保存技术改进与优化效果评价

    刘伯承刘微柳颖何晓娜...
    3461-3470页
    查看更多>>摘要：[目的]改进与优化鸡精液甘油细管简易冷冻保存技术.[方法]采用单因素设计试验,使用6％的冻存(3、6、9个月)与现配甘油保护液制作细管冷冻精液,比较冷冻精液冻后精子活力、活率及畸形率.采用液氮面上熏蒸法优化一步冷冻法冷冻速率,并用优化后一步冷冻法与前期研发的两步冷冻法制作细管冷冻精液,检测两种冷冻方案冻后与离心去甘油后的精子活力、活率、畸形率及种蛋受精率、孵化率.采用一步冷冻法冷冻不同品种公鸡精液,并采用不同输精轮次应用于不同年龄母鸡,通过输精试验评价输精效果.[结果]①添加冻存3、6、9个月的甘油保护液与现配甘油保护液冻后精子活力、活率、畸形率均无显著差异(P＞0.05).②经优化和重复率比较后一步冷冻法最佳冷冻速率为细管精液距离液氮面3 cm冷冻3 min,样品精子活力≥60％的重复率为100％,精子活力≥65％的重复率为65％.③一步冷冻法精子活力、精子活率分别为62.84％和76.00％,均极显著高于两步冷冻法(58.17％和68.62％)(P＜0.01),两种冷冻方案的精子畸形率无显著差异(P＞0.05).一步法、两步法冷冻精液离心去甘油前、后平均精子活力、种蛋平均受精率和平均孵化率均无显著差异(P＞0.05),单日最高受精率分别为68.34％和80.00％.④采用一步冷冻法制备的黑凤鸡与湘东鸡冻精输精后的种蛋受精率和孵化率均无显著差异(P＞0.05).给30周龄母鸡输精后种蛋受精率极显著高于68周龄母鸡(P＜0.01).3轮4次输精模式种蛋受精率极显著高于1轮2次输精模式(P＜0.01).[结论]将甘油保护液制备成储备液在一 20 ℃冻存,采用一步冷冻法并预先进行冷冻速率优化,输精时注意精液冷藏时长、母鸡年龄、输精轮次,能得到稳定较好的输精效果.

    鸡精液甘油保护液冷冻速率精子活力人工授精

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    CD163基因敲除iPAMs的构建及其感染PRRSV的特征分析

    董泽霞林鑫周期律王楠...
    3471-3483页
    查看更多>>摘要：[目的]获得分化抗原163(cluster of differentiation 163,CD163)基因敲除的永生化猪肺泡巨噬细胞系(immortalized porcine alveolar macrophages,iPAMs),并从细胞水平研究CD163蛋白在猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)入侵过程中的作用.[方法]将靶向 CD163 基因第7外显子的sgRNA质粒(pX330-sgCD163)转染至iPAMs,转染48 h后通过有限稀释法筛选单克隆细胞并进行基因型鉴定,通过Western blotting和脱靶分析来筛选CD163基因敲除的iPAMs;通过实时荧光定量PCR、Western blotting、间接免疫荧光试验(indirect immunofluorescence assay,IFA)和半数细胞培养物感染量(50％tissue culture infective dose,TCID50)等试验分析CD163基因敲除的iPAMs感染PRRSV的特征.[结果]测序结果表明,100株单克隆细胞中有1株CD163双等位基因敲除的iPAMs,敲除效率为1％;Western blotting结果显示,CD163基因敲除的iPAMs中检测不到CD163蛋白的表达,且在预测的脱靶位点未检测到脱靶效应.实时荧光定量PCR结果表明,与野生型iPAMs组相比,CD163基因敲除的iPAMs组病毒拷贝数极显著降低(P＜0.01);Western blotting和IFA结果表明,在接毒24 h后的CD163基因敲除的iPAMs组中未检测到PRRSV-N蛋白的表达;TCID50试验结果同样显示,在CD163基因敲除的iPAMs组中未观察到细胞病变.[结论]本研究利用CRISPR/Cas9编辑系统成功构建了 CD163基因敲除的iPAMs,该细胞系可以完全抵抗PRRSV感染.该细胞系的建立为后续研究PRRSV与CD163蛋白的互作机制提供了新型试验材料.

    CRISPR/Cas9CD163基因永生化猪肺泡巨噬细胞系(iPAMs)猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)

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    牛诺如病毒感染相关腹泻犊牛粪便菌群的特征分析

    赵清梅崔省委郭仕辉余永涛...
    3484-3494页
    查看更多>>摘要：[目的]比较哺乳期健康犊牛和感染牛诺如病毒(Bovine norovirus,BNoV)的腹泻犊牛粪便菌群多样性和物种组成,初步揭示BNoV感染的腹泻犊牛粪便菌群特征.[方法]首先应用PCR和RT-PCR法对健康和腹泻犊牛粪便中的腹泻相关病原进行检测,然后采用16S rRNA扩增子测序技术对病原检测阴性的健康犊牛粪便(H组)和仅BNoV检测阳性的腹泻犊牛粪便(BNoV组)的微生物多样性、菌群组成和功能进行比较分析.[结果]与H组相比,BNoV组粪便菌群操作分类单元(OTUs)数量和Chao1指数显著升高(P＜0.05),Shannon和Simpson指数极显著降低(P＜0.01).与H组相比,BNoV组粪便变形菌门、埃希-志贺属、丁酸球菌属丰度极显著升高(P＜0.01),放线菌门、柯林斯菌属、巨球型菌属、厄氏菌属、双歧杆菌属、粪杆菌属等丰度极显著或显著降低(P＜0.01;P＜0.05).双歧杆菌属、柯林斯菌属、巨球型菌属、厄氏菌属、粪杆菌属等在H组显著富集,而丁酸球菌属、埃希-志贺属、脆弱拟杆菌、梭菌属等在BNoV组显著富集.与H组相比,BNoV组粪便菌群胞内过程和信号传导、脂质代谢、新陈代谢、异生物质生物降解与代谢、萜类和聚酮类化合物代谢等显著或极显著上调(P＜0.05;P＜0.01),而膜转运、复制与修复、翻译、核苷酸代谢、遗传信息处理等显著或极显著下调(P＜0.05;P＜0.01).[结论]感染BNoV的腹泻犊牛粪便菌群丰富度、多样性、物种组成和功能与健康犊牛显著不同,提示BNoV感染犊牛处于肠道菌群紊乱状态.

    牛诺如病毒(BNoV)犊牛腹泻粪便菌群16SrRNA扩增子测序

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    PEDV、TGEV与PDCoV S蛋白表位基因三联疫苗的构建及其鉴定

    刘青顾天越包利霞朱凡杰...
    3495-3505页
    查看更多>>摘要：[目的]构建一种同时预防猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)和猪德尔塔冠状病毒(PDCoV)的三联表位疫苗,以预防上述病原导致的猪的相关疾病.[方法]本研究运用免疫信息学在线软件对3种猪肠道冠状病毒(SeCoVs)的S蛋白B、T细胞表位进行预测分析,构建新的表位肽段,命名为PPT,通过ExPASy、VaxiJen、TMHMM、SOPMA、SOLpro和AlphaFlod2等在线软件对PPT进行生物信息学分析,并利用C-IMMSIM在线软件对其免疫反应进行模拟.通过T2A将PPT与PEDV的COE序列、TGEV的SAD序列及PDCoV的CTD序列连接并构建至真核表达载体pEGFP-N1,经PCR和双酶切鉴定正确后,将获得的重组质粒转染HEK293A细胞,经DAPI染色、CCK8、RT-PCR及Western blotting试验验证重组质粒在体外表达情况.[结果]构建的表位蛋白PPT由17条表位肽段组成,经生物信息学软件分析,该蛋白为非跨膜蛋白,结构稳定,具有抗原性和可溶性,亲水性高,无过敏性.C-IMMSIM结果显示,PPT能引起机体树突状细胞(DC)增加,B、T细胞免疫反应,刺激免疫球蛋白IgG、IgM和细胞因子γ-干扰素(IFN-γ)、白细胞介素-2(IL-2)水平升高.重组质粒经PCR和双酶切鉴定结果显示,分别在3 359、2 375、1 064、944、764和467 bp出现特异性目的条带,与预期相符;重组质粒转染HEK293A细胞后,可见绿色荧光;RT-PCR扩增分别在3 359、2 375、1 064、944、764和467 bp处获得与目的基因大小相符的条带;CCK-8检测结果表明,重组质粒对细胞均无明显毒性作用;Western blotting检测结果显示,分别在31.7、16.1、37.9和27.5 ku处出现与目的蛋白分子质量大小一致的条带,重组质粒成功在HEK293A细胞中表达.[结论]本研究基于计算机软件分析设计的PPT表位蛋白成功构建三联疫苗,且在体外表达,为评价PEDV-TGEV-PDCoV三联表位疫苗的免疫效果提供依据.

    猪流行性腹泻病毒(PEDV)猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)猪德尔塔冠状病毒(PDCoV)S蛋白表位疫苗

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    羊传染性脓疱病毒口唇和内脏感染株趋化因子结合蛋白基因差异分析及原核表达

    李蓉富国文曾琴吴姣...
    3506-3518页
    查看更多>>摘要：[目的]克隆羊传染性脓疱病毒(ORFV)口唇和内脏感染株趋化因子结合蛋白(CBP)基因并进行生物信息学分析及原核表达,为后续研究CBP基因在ORFV免疫逃逸机制中的作用提供基础数据.[方法]以患病羔羊口唇结痂和小肠提取的DNA为模板设计特异性引物,进行PCR扩增并克隆测序,对表达的CBP基因遗传进化关系及蛋白理化性质、结构特点进行分析;利用原核表达系统pGEX-4T-1构建重组质粒pGEX-4T-1-CBP-K、pGEX-4T-1-CBP-N并转化大肠杆菌Rosetta(DE3)感受态细胞,利用SDS-PAGE检测蛋白的表达,并通过Western blotting对蛋白进行抗原性分析.[结果]经测序,ORFV 口唇感染株CBP基因全长873 bp,内脏感染株CBP基因全长846 bp,且后者在第217 bp处有24 bp碱基的丢失.系统进化树显示,口唇与内脏感染株不属于同一进化分支,遗传距离较远;口唇感染株CBP基因与中国吉林分离株亲缘关系最近;内脏感染株CBP基因与马来西亚分离株亲缘关系最近.口唇感染株CBP基因编码291个氨基酸,内脏感染株CBP基因编码282个氨基酸,蛋白二级结构均主要由α-螺旋和无规则卷曲构成,三级结构有5处差异,主要是α-螺旋和β-折叠的变化.试验成功构建了原核表达质粒pGEX-4T-1-CBP-K和pGEX-4T-1-CBP-N,其在大肠杆菌Rosetta(DE3)感受态细胞中以包涵体形式表达CBP融合蛋白,分子质量约为60 ku.[结论]本研究内脏感染株与口唇感染株相比,存在24 bp的缺失,并成功构建原核表达质粒pGEX-4T-1-CBP-K和pGEX-4T-1-CBP-N,可在大肠杆菌中表达CBP融合蛋白.本研究结果为揭示CBP在ORFV与宿主互作中发挥的作用提供参考,也可为寻找新的羊传染性脓疱防治方法提供依据.

    羊传染性脓疱病毒(ORFV)趋化因子结合蛋白(CBP)生物信息学原核表达

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    oppCDF基因缺失对鼠伤寒沙门菌致病性的影响

    叶景芬张家莉陈世雄杨婉...
    3519-3527页
    查看更多>>摘要：[目的]沙门菌是常见的人畜共患病原菌,可引发多种食源性疾病,鼠伤寒沙门菌是沙门菌的重要血清型之一,具有重要的公共卫生研究意义.本试验旨在研究转运蛋白相关基因oppCDF对鼠伤寒沙门菌生物特性的影响,为新型沙门菌减毒疫苗的制备提供理论基础.[方法]本试验通过比较鼠伤寒沙门菌野生株及已成功构建的oppCDF基因缺失株的生化特性、遗传稳定性、耐药性、黏附性、侵袭力、半数致死量(LD50)及小鼠肝脏、脾脏载菌量,分析oppCDF基因与鼠伤寒沙门菌生物特性之间的关系.[结果]oppC、oppD和oppF 基因分别缺失后鼠伤寒沙门菌生化特性未发生明显改变且能稳定遗传,表明oppCDF基因表型未发生变化;与野生株STM LT2相比,基因缺失株STM LT2△oppC对红霉素变为敏感、氯霉素敏感性降低,STMLT2△oppD对头孢氨苄敏感性降低,STM LT2△oppF对复方新诺明敏感性增强,3株基因缺失株均对氨苄西林不敏感.3株基因缺失株LD5.检测结果显示,与野生株STM LT2相比,STM LT2△oppC毒力下降,但STM LT2△oppD、STM LT2△oppF毒力分别上升1.6和8.6倍;STM LT2△oppC的黏附性显著降低(P＜0.05),侵袭力降低,定植力极显著下降(P＜0.01);STM LT2△oppD的黏附性、侵袭力降低,但定植力极显著上升(P＜0.01);STM LT2△oppF的黏附性显著降低P＜0.05),但侵袭力显著增强P＜0.05),定植力极显著上升(P＜0.01).[结论]oppC基因缺失可降低鼠伤寒沙门菌的致病性,但oppD、oppF基因缺失可增强鼠伤寒沙门菌的致病性,以上结果为沙门菌的致病机制研究提供了理论基础.

    鼠伤寒沙门菌oppCDF基因生物学特性致病性

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    猪繁殖与呼吸综合征病毒诱导的炎症反应及抗炎药物研究进展

    乔常宏陈晶罗琴刘宝玲...
    3528-3539页
    查看更多>>摘要：猪繁殖与呼吸综合征(porcine reproductive and respiratory syndrome,PRRS)是由猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)引起的母猪严重繁殖障碍与仔猪呼吸困难的一种全球性疾病.感染PRRSV所引起疾病的严重程度与病毒载量和体内产生的细胞因子有关.PRRSV通过自身编码的结构蛋白和非结构蛋白激活炎症信号通路,导致大量细胞因子、趋化因子释放从而诱导炎症反应,但过度炎症反应特别是细胞因子风暴可能导致严重的组织损伤,导致病情加剧.因此通过抑制PRRSV引起的炎症应答可能是有效预防和控制PRRS的主要策略.目前常用的抗炎药物包括重组干扰素、非甾体抗炎药(NSAID)和类固醇等,传统的中药制剂也被证实对PRRS有一定治疗效果.然而PRRSV感染诱导炎症反应的具体条件、程度和机制以及抗炎药物作用尚未清楚.笔者拟对PRRSV诱导的炎症反应及其作用机制,以及相关抗炎药物的开发应用进行综述,以期为PRRS的预防和控制提供新的思路.

    猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)炎症反应细胞因子抗炎药物

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