查看更多>>摘要:该试验旨在利用简化基因组测序(specific-locus amplified fragment sequencing,SLAF-seq)分析陇南山羊群体遗传多样和群体结构,为陇南山羊后续保种计划的制订提供依据.该研究对50只陇南山羊(公、母各25只)进行全基因组SNP检测;计算观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)、香浓维纳指数(SHI)、基因多样性指数(Nei)及次要等位基因频率(MAF)等6个指标进行遗传多样性评估.结果表明,50只陇南山羊共检测到655514个SNPs位点.陇南山羊的Ho、He、PIC、SHI、Nei及MAF指标值分别为0.193、0.286、0.236、0.449、0.290、0.200,说明该群体遗传多样性较低.陇南山羊群体LD值较低,衰退速度较快,说明该群体并未受到过强烈的人工选择压力.此外,PCA与系统发育树结果均表明陇南山羊群体内部出现分化,可分为2个大的亚群.陇南山羊群体平均IBS遗传距离为0.7391,结合亲缘关系G矩阵热图,表明陇南山羊群体大部分个体亲缘关系较远.50只陇南山羊个体共检测到47206个ROH,平均ROH长度37.86 Mb,基于ROH的近交系数FROH范围为0.0535~0.2574,平均FROH值为0.1472,说明陇南山羊群体存在近交风险.可见,陇南山羊内部存在分化,可分为2个大的亚群,陇南山羊群体遗传多样性较低,部分个体间存在较大的近交风险,可能需要采取保种措施保护陇南山羊遗传资源.